Почти всё в SpaceEngine может быть модифицировано. Новые модели галактик и туманностей, текстуры высокого разрешения для Земли и других планет, свои собственные планетные системы и модели космических кораблей. Присутствует удобная система скриптов для описания объектов с подробной документацией. Вы можете импортировать любые научно-фантастические франшизы: модели космических кораблей, солнечные системы и даже целые галактики, а затем взять контроль над вашим любимым кораблём и начать исследование!